法制局の組織としては、職員の任免権を持つ法制局長以下、法制次長の統括の下に、基本法制監理部、第一部から第五部、法制主幹及び総務課が設置されています。
基本法制監理部には基本法制課及び法令監理課が置かれ、基本法制課は憲法等、法令監理課は法律案等の審査、法令情報の整備・提供等を担当しています。
第一部から第五部までの各部には２つの課が置かれ、各課の担当する立案等の事務は、参議院の委員会の所管に対応して割り振られています。
第一部第一課は国家基本政策、議院運営、懲罰、第一部第二課は内閣、行政監視、地方デジタル、消費者問題を担当しています。
第二部第一課は厚生労働のうち社会福祉、社会保障、公衆衛生、援護と、国民生活調査会、第二部第二課は厚生労働のうち労働、雇用と、経済産業、資源・持続可能調査会を担当しています。
第三部第一課は総務、政治改革、第三部第二課は農林水産、環境、災害対策、震災復興を担当しています。
第四部第一課は財政金融、予算、決算、第四部第二課は外交防衛、国土交通、ODA沖縄北方、拉致問題、外交・安保調査会を担当しています。
第五部第一課は法務、第五部第二課はこども家庭、文教科学を担当しています。
法制主幹は法制局長の命を受けた重要な法律問題に関する事務を担当しています。
総務課は人事、文書、会計、情報処理、図書等を担当しています。